Estragon je oblíbený především ve francouzské, španělské a balkánské kuchyni, kde nesmí chybět.
Využívá se k aromatizaci vinného octa snítkem rostliny nebo ke konzervaci většího množství estragonových listů v octě. Takto uchovaný estragon můžeme využít do sýrů, obložených chlebíčků atd. Používá se na dochucení omáček, másel, k lososu a k masu. K pokrmům se přidává na poslední chvíli, jinak tepelnou úpravou ztrácí chuť.
Používá se k aromatizování vinných nebo ovocných octů, bylinkových másel, do nádivek, drůbeže, k pečeným a dušeným masům, do omáček, při nakládání zeleniny, k přípravě estragonové hořčice, při nakládání okurek, do čínských a francouzských pokrmů, k rýži a vařeným rybám, do salátů, polévek a marinád. Jako koření se používají čerstvé i sušené listy, často spolu se stonky. Pokrmům dodává pikantně trpkou příchuť.
nítka čerstvého estragonu spolehlivě osvěžuje dech, pokud ji rozžvýkáme.
Zajímavou vůni propůjčuje čerstvý estragon i letním koktejlům a ovocným či zmrzlinovým dezertům.